Militærnægteradministrationen er en myndighed under Forsvarsministeriet.

Militærnægteradministrationen varetager den samlede administration af militærnægterordningen - herunder overførelse, indkaldelse, udstationering og hjemsendelse af militærnægtere.

Militærnægteradministrationen varetager foruden generelle sager på området behandlingen af sager om overførelse til militærnægtertjeneste efter forhandling med forsvaret og Beredskabsstyrelsen. Endvidere behandles sager om udsættelse af militærnægtertjeneste samt indstillinger til Værnepligtsnævnet om fritagelse for værnepligtstjeneste og i klagesager om udsættelse af værnepligtstjeneste.

Militærnægteradministrationen indkalder alle militærnægtere til en introduktionsdag i Hedehusene, hvor Militærnægteradministrationen har til huse. Herefter afvikles værnepligten ved udstationering i institutioner m.v., som Militærnægteradministrationen har indgået aftale med.

Militærnægteradministrationen tager sig under værnepligtsforløbet af alle tjenstlige forhold, og står til rådighed med rådgivning og bistand til de værnepligtige og til udstationeringsstederne.

Ledelsen af Militærnægteradministrationen varetages af administrationschef, cand.jur. Michael D. Pedersen (under dennes tjenestefrihed varetages den daglige ledelse af Militærnægteradministrationen af fungerende administrationschef, cand.jur. Bettina Flittner).